La planta de Peñaclara está situada a 800 m. de altitud en el Término Municipal de Torrecilla en Cameros (La Rioja), entre la Carretera Nacional N-111 y el Río Iregua, a 29 km. de Logroño.

La estructura geológica de esta región, nexo entre la Cordillera Cantábrica y los Pirineos, es extremadamente compleja. Está caracterizada por la superposición de cortes estructurales de dos orogénesis diferentes: la herciana y la terciaria.